Jornal de Biomarcadores Moleculares e Diagnóstico

Ensaio de extensão de primer de base única ( SNaPshot ) para detecção rápida de mutações de resistência a medicamentos do vírus da imunodeficiência humana - 1

Abstract

Arpan A, Salil V, Harsh P e Pratap NM

O ensaio de extensão do primer 3' pode ser empregado para interrogar múltiplos polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) conhecidos simultaneamente usando uma abordagem multiplex. Mais de 200 mutações do Vírus da Imunodeficiência Humana-1 (HIV-1) estão atualmente associadas à resistência a medicamentos. A identificação dessas mutações auxilia na tomada de decisões terapêuticas apropriadas, de modo que regimes de medicamentos superiores possam ser projetados para manter a carga viral abaixo do nível patogênico. Atualmente, a transcrição reversa do RNA do HIV-1 seguida pela amplificação do gene pol e subsequente sequenciamento de nucleotídeos é um método popular de genotipagem da resistência a medicamentos do HIV-1. No entanto, ainda é um protocolo demorado e trabalhoso e requer análise bioinformática significativa para decifrar o significado das mutações encontradas durante a análise.

Neste estudo, analisamos 75 amostras clínicas positivas para HIV-1 para 2 mutações representativas, a saber, M41L e M184V usando um protocolo de extensão de primer 3' popularmente conhecido como ensaio SNaPshot. Vinte e quatro e 36% dos pacientes apresentaram as mutações críticas M41L e M184V, respectivamente, enquanto 20% apresentaram ambas as mutações juntas. Os resultados foram 100% concordantes com o ensaio de sequenciamento de DNA, que foi usado como padrão-ouro. Os resultados comprovam as vantagens relacionadas a custo, velocidade e economia desta plataforma tecnológica para interrogar mutações conhecidas de significância dentro do genoma do HIV-1.