Os fungos microbianos são a maioria dos fungos fitopatogênicos que pertencem aos Ascomicetos e aos Basidiomicetos. Patógenos fúngicos biotróficos colonizam tecidos vegetais vivos e obtêm nutrientes de células hospedeiras vivas. As doenças fúngicas são mais difundidas e mais destrutivas do que outras doenças das plantas; diminuem as colheitas e diminuem significativamente a qualidade das colheitas, e encurtam a vida produtiva das árvores de fruto e dos campos de frutos silvestres.