O transplante fecal é realizado como tratamento para uma complicação recorrente da antibioticoterapia, podendo estar associado a diarreia, cólicas abdominais e às vezes febre.
É a transferência de fezes de um doador saudável para o trato gastrointestinal com a finalidade de tratar a colite recorrente por C. difficile. O transplante fecal geralmente é realizado por colonoscopia e menos comumente por sonda nasoduodenal. Durante a colonoscopia, o colonoscópio avança por todo o cólon. À medida que o colonoscópio é retirado, as fezes do doador são entregues através da colonoscopia no cólon do paciente.