A filogenética teórica está preocupada com o problema de reconstruir a história evolutiva passada dos organismos existentes a partir de dados moleculares atuais, como o DNA. Há interesse contínuo no desenvolvimento da matemática que fundamenta os métodos filogenéticos computacionais.
Periódicos relacionados à Filogenética Teórica Journal of Phylogenetics & Evolutionary Biology, Journal of Proteomics & Bioinformatics, Sistemática molecular e filogenética, Current Advances in Molecular Phylogenetics, Evolutionary Bioinformatics, Journal of Evolution Equation, Arthropod Systematics & Phylogeny, Journal of Experimental Zoology Parte B: Molecular e evolução do desenvolvimento
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