É uma doença autoimune em que a própria imunidade do corpo destrói a glândula tireoide e, por sua vez, ocorre uma situação de hipotireoidismo devido à ausência de produção do hormônio tireoidiano no corpo. Esta anormalidade pode ser causada por distúrbio genético, desequilíbrio hormonal, excesso de iodo, exposição à radiação, etc. A tireodite de Hashimoto também é conhecida como tireodite linfocítica crônica devido ao prolongamento da inflamação na glândula tireóide.
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